Les aptamères peuvent être utilisés pour éliminer les contaminants d'un échantillon biologique ou chimique ou pour isoler un composant souhaité. Les aptamères spécifiques sont immobilisés sur un support chromatographique. Grâce à leur petite taille, un haut degré de fonctionnalisation peut être atteint. Les aptamères sont faciles à greffer sur un support, sont thermiquement stables, peuvent être rendus résistants aux nucléases et peuvent même être utilisés dans certains solvants organiques. Ils présentent donc un intérêt pour la purification d’un large éventail de cibles, notamment la séparation des énantiomères.