Cette technique bien établie utilise des anticorps pour la détection de protéines après analyse sur gel de polyacrylamide et transfert sur une membrane de nitrocellulose. Les aptamères peuvent remplacer les anticorps, offrant une spécificité accrue et une détection plus facile. Différents fluorophores peuvent être conjugués à différents aptamères pour surveiller simultanément plusieurs protéines d'intérêt.