Cette technique bien établie utilise des anticorps pour la détection de protéines après une analyse sur gel de polyacrylamide et un transfert sur une membrane de nitrocellulose. Les aptamères peuvent se substituer aux anticorps, offrant une spécificité accrue et une détection facilitée. Différents fluorophores peuvent être conjugués à différents aptamères, permettant ainsi de surveiller simultanément plusieurs protéines d'intérêt.